微生物全基因组重测序服务

服务介绍：

对已知序列的微生物基因组进行重测序，通过序列比对，可以进行个体或群体间的差异分析，找到大量的SNPs（单核苷酸多态性位点），InDel（插入缺失位点Insertion & Deletion）、SV（结构变异位点Structure Variation）等变异类型，以廉价的方式将单个参考基因组信息扩增为生物群体的遗传特征。此种高通量的测序方式，可以在全基因组水平上解释导致性状差异的原因，为筛查菌株的优良性状，菌株抗药性等研究提供指导与依据。

南京普东兴生物科技有限公司是由普朗医疗与东南大学共同投资创办，针对不同需求的合作伙伴，制定了研究方向，选择不同的测序深度，可以进行三种类型的细菌基因组测序，包括微生物基因组框架图，精细图，完成图；可以灵活选择测序方案，构建真菌基因组精细图。

图 细菌基因组圈图及COG分析

产品优势：

1、拥有标准化操作实验室和高通量测序技术平台，实验周期短，质量可靠；
2、性价比高：在检测真菌类时，低价获得至少50×coverage的全基因组测序数据以及分析比对结果；在检测细菌类时，低价获得至少100×coverage的全基因组测序数据以及分析比对结果，可提供初步组装；
3、快速精准：摆脱传统的研究方法，直接从单碱基水平快速获得物种真实信息，单碱基分辨率达到99%以上。

应用领域：

在进行微生物全基因组重测序服务时，针对真菌和细菌两大类，有不同的应用领域：

（一）真菌类应用领域：

1、通过比较基因组分析挖掘植物病原真菌的关键致病因子；
2、挖掘食用、药用真菌主要的功能基因；
3、通过大样本量的群体分析可得出物种进化规律、地理分布规律等。

（二）细菌类应用领域：

1、细菌基因组重测序可应用于生物医药领域(如抗生素)；
2、细菌基因组重测序可应用于工业生产(如发酵)；
3、细菌基因组重测序可应用于环境治理(如分解石油)；
4、通过细菌基因组比较分析有助于阐明微生物的许多特性(如耐高温、耐盐、降解塑料和抗药性等；
5、对致病细菌的研究主要集中于毒力因子、致病岛、耐药基因、耐药机制以及与寄主的关系等, 通过比较可以发现或预测致病菌的致病相关基因, 为疾病的诊断、药靶的寻找和疫苗或抗生素的研制提供理论支持；
6、通过基因组比较还可以研究进化史、构建生物进化树。

实验方案流程：

技术流程：
1、样本质检
接到客户样品的第一时间进行质检，质检合格的样品方能保证文库构建的顺利进行。
2、文库构建
3、模板制备
将构建成功的文库经过扩增富集，得到阳性模板用于测序。
4、上机测序
采用Ion ProtonTM半导体测序技术，进行快速准确的测序。

数据分析流程：
1、数据处理
1）去除接头污染和低质量数据；
2）产出数据及质控统计；
2、标准信息分析
1）初级组装及评价，基因组概况（kmer分析，GC-Depth分析）；
2）参考基因组同源性；
3）SNP和InDel的检测及在基因组的分布；
4）物种进化（系统发育树，进化选择压力）；
3、高级信息分析
1）数据注释结果的初级应用；
2）不同研究领域的信息挖掘推荐；
4、个性化分析
可结合客户的实际需求，协商确定信息分析的内容，定制化分析服务。

服务须知：
1、样本接收：
1）基因组DNA。样本量：m≥6μg；浓度：c≥30 ng/μL；纯度OD260/280≥1.8～2.0，OD260/230≥2.0
2）50ml新鲜培养菌液。
2、服务周期
我们会在接收到客户的样品并检测合格后的30个工作日内完成客户的样品测序及全部信息分析工作，并提供给客户相应的结题报告及数据。

选择普东兴的理由：
1、个性化方案设计：根据客户的研究目的及项目需求，提供个性化方案设计，实现效益大化；
2、项目重视程度：我公司对所有项目都高度重视。除为客户设计个性化的测序方案外，在整个项目开展阶段，我们为客户提供技术咨询服务。项目结束后，我们仍长时间保留客户的数据，如果您在解读数据、发表文献方面遇到了困难，我们竭诚为您提供技术支持；
3、平台优势：我公司拥有尖端科技半导体高通量测序仪，并与上海生物信息技术研究中心建立战略合作，拥有强大的生物信息分析平台，这使得我公司在市场上有很强的竞争力；
4、地理优势：我公司地处南京，距离华东地区科研单位较近，而且在全国各地设有办事处，顺畅的沟通保证了项目进行过程中遇到的问题可随时解决，提高项目的完成效率。

希望你我的合作将共同搭建一个幸福的桥梁！全国免费咨询电话：400-6656-888。